Roční zúčtování daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti provádí zaměstnavatel za zaměstnance na jeho žádost nejpozději do 31. března po uplynutí zdaňovacího období. Roční zúčtování daně v drtivé většině případů vede k vrácení přeplatku na dani. Pokud má zaměstnanec zájem o provedení ročního zúčtování daně, musí o něj požádat posledního zaměstnavatele za zdaňovací období, o jehož zúčtování žádat, a to nejpozději do 15. února po uplynutí zdaňovacího období. Roční zúčtování záloh a daňového zvýhodnění neprovede zaměstnavatel u zaměstnance, který podá nebo je povinen podat přiznání k dani.
Pokud měl zaměstnanec v průběhu zdaňovacího období více zaměstnavatelů, je povinen k žádosti doložit Potvrzení o zdanitelných příjmech ze závislé činnosti, sražených zálohách na daň z těchto příjmů a daňového zvýhodnění od všech předchozích plátců daně (zaměstnavatelů) v rámci daného zdaňovacího období. Pokud tedy zaměstnanec pracoval na dohodu o provedení práce nebo na dohodu o pracovní činnosti s tím, že mu byla prováděná srážka daně (ne srážena záloha na daň), tato Potvrzení pro účely ročního zúčtování daně zaměstnavateli nedokládá. Srážka daně se provádí v případě, že příjmy z dohod jsou do limitu stanoveného zákonem a současně zaměstnanec nepodepsal Prohlášení poplatníka daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti pro uplatňování slev na dani.
K žádosti o roční zúčtování daně zaměstnanec též dokládá podklady pro nezdanitelné části daně, pokud je uplatňuje. Může se jednat například o odečet úroků z hypotečního nebo obdobného úvěru na vlastní bydlení, příspěvky zaplacené poplatníkem ve zdaňovacím období na jeho daňově podporované produkty spoření na stáří a daňově podporované pojištění dlouhodobé péče (soukromé životní pojištění a penzijní pojištění) .
