Každý obor podnikání s sebou nese jistá specifika, která jsou pro něj typická. Tato specifika se často projevují nejen v podnikatelské činnosti jako takové, ale i v oblasti účetnictví a daní. Pokud jde o oblast účetnictví a daní, v té zpravidla tak velké rozdíly nejsou. To se však netýká cestovních kanceláří, které jsou povinny uplatňovat u svých služeb zvláštní režim pro cestovní službu.
1. Zvláštní režim pro cestovní službu
Cestovní službou se rozumí poskytnutí služby zákazníkovi, která zahrnuje kombinaci služeb cestovního ruchu a zboží, pokud jsou jednotlivé služby cestovního ruchu a zboží nakoupené od jiných podnikatelů. Poskytnutí cestovní služby se považuje za poskytnutí jedné služby, přestože k uskutečnění cestovní služby se využije více služeb cestovního ruchu a zboží nakoupených od jiných podnikatelů; za cestovní službu se považuje i poskytnutí služby zákazníkovi, která zahrnuje pouze jednu nakoupenou službu cestovního ruchu ubytování nebo dopravy osob.
Podle § 89 zákona o DPH se na cestovní služby uplatňuje zvláštní daňový režim, kdy základem daně není celá cena služby jako tomu bývá u běžného režimu DPH, ale pouze přirážka poskytovatele. Přirážkou se rozumí rozdíl mezi částkou, kterou podnikatel obdrží od zákazníka, a částkami zaplacenými třetím osobám povinným k dani za jednotlivé služby a zboží tvořící obsah cestovní služby. Základ daně se přitom určuje jako přirážka očištěná o daň.
1.1 Kdy zvláštní režim použít
Tento režim se použije vždy, když poskytovatel vystupuje vůči zákazníkovi vlastním jménem a současně pro realizaci zájezdu nakupuje služby cestovního ruchu od jiných podnikatelů (např. hotely, dopravci, průvodci, organizátoři výletů). Je důležité si uvědomit, že cestovní službu může někdy i nevědomky poskytnout podnikatel, který se poskytováním cestovních služeb apriori nezabývá, tedy se v daném případě poskytuje službu mimo jeho obvyklý předmět činnosti. Typickou cestovní službou je kombinace ubytování, dopravy, delegátských služeb či fakultativních výletů.
Pro účely rozlišení, kdy tento zvláštní režim použít, je třeba důsledně rozlišovat mezi cestovní kanceláří a cestovní agenturou. Cestovní agentury totiž mohou působit pouze jako zprostředkovatel, který sám o sobě zájezdy neprodává, pouze jejich prodej zprostředkovává. V takovém případě, přestože je koncový zákazník v kontaktu se zprostředkovatelem, smlouvu o zájezdu uzavírá s cestovní kanceláří, která zájezdy pořádá, tedy výnos z prodeje zájezdu náleží cestovní kanceláří a zprostředkovatel má z prodeje zájezdu provizi. Tato provize podléhá běžnému režimu DPH.
Dále v případě, že cestovní kancelář poskytuje vlastní služby či zboží (např. vlastní dopravu nebo ubytování), nelze zvláštní režim uplatnit a je nutné odvést DPH podle běžných pravidel. Pokud plátce využívá oba způsoby – běžný i zvláštní režim – musí mít vedenou samostatnou evidenci pro každé plnění zvlášť. Speciální situace nastává tehdy, pokud je cestovní služba poskytnuta jiné osobě povinné k dani pro její podnikání. V takovém případě se jednotlivé služby zdaňují standardně, pokud je příjemce služeb zároveň neprovozuje jako cestovní kancelář a služby jsou poskytnuty v tuzemsku.
1.2. Výpočet DPH
Daň se odvádí výhradně z přirážky. Pokud je předem přijata záloha, daňová povinnost vzniká již z této úplaty. Pro stanovení přirážky k přijaté částce se používá koeficient, který lze určit dvěma způsoby:
- První metoda:

- Druhá metoda (běžně používaná):

Druhá varianta je praktičtější, protože počítá i s budoucími závazky vyplývajícími ze smluv, nikoliv jen s již zaplacenými částkami. Je zřejmé, že pro správné stanovení koeficientu je třeba mít důsledně vytvořené samostatné kalkulace pro jednotlivé cestovní služby (zájezdy) tak, aby byl koeficient vypočten co nejsprávněji. Tento koeficient je předpokládaný, protože v období mezi přijetím zálohy a realizací cestovní služby může dojít ke změně částek uhrazených poskytovatelem cestovní služby za služby a zboží, které jsou zahrnuté v cestovní službě.
1.3. Nárok na odpočet DPH na vstupu
U nákladů přímo souvisejících s cestovní službou (tj. nakoupených služeb a zboží tvořících zájezd) nelze uplatnit odpočet DPH ani nárok na vrácení daně z jiného členského státu, což je dáno tím, že plátce DPH na výstupu uplatňuje DPH pouze z přirážky, ne z celé hodnoty služby. Naopak u běžných provozních výdajů, které nejsou zahrnuty do cestovní služby (např. nájem kanceláře, úklid, účetní a poradenské služby), lze odpočet uplatnit standardně.
1.4. Datum uskutečnění zdanitelného plnění a místo plnění
Za uskutečnění zdanitelného plnění se považuje den poskytnutí poslední služby zahrnuté do zájezdu. Místem plnění je sídlo poskytovatele nebo místo jeho provozovny, pokud je služba poskytnuta jejím prostřednictvím.
1.5. Sazba DPH a daňový doklad
Podle § 89 odst. 11 zákona o DPH se vždy použije základní sazba daně. Přirážka vztahující se na tuzemské a unijní služby tedy podléhá dle aktuální legislativy základní sazbě 21 %.
Na vystaveném daňovém dokladu nesmí být daň z přirážky uvedena samostatně; povinně se však uvádí poznámka: „zvláštní režim – cestovní služba“.
1.6. Osvobození cestovní služby od DPH
Pokud je cestovní služba poskytnuta ve třetí zemi, je v této části osvobozena s nárokem na odpočet. Pokud je realizována částečně v EU a částečně mimo EU, osvobození se vztahuje jen na část připadající na třetí země. Jedinou výjimku tvoří letecká přeprava osob s místem určení do třetí země nebo přeprava zpět na území EU, kdy se tato přeprava považuje za službu cestovního ruchu poskytnutou ve třetí zemi. To je velká změna oproti tomu, jak to bylo až do konce roku 2024, kdy se letecká přeprava do třetí země přepočítávala na část vztahující se k EU a část vztahující se k třetí zemi s tím, že částečně podléhala DPH a částečně byla osvobozená od DPH.
2. Účetní specifika s přesahem do daní
Jak již bylo nastíněno, je velký rozdíl mezi cestovní kanceláří a pouhým zprostředkovatelem, kterým bývá zpravidla cestovní agentura. V případě, že je cestovní agentura pouhým zprostředkovatelem, prodaný zájezd není jejím výnosem, úhradu za zájezd klientem přímo přepošle cestovní kanceláři. Výnosem cestovní agentury je provize, kterou jí cestovní kancelář následně uhradí.
2.1. Přijaté zálohy
Jak v případě zprostředkovatele, tak v případě cestovní kanceláře se přijatá záloha účtuje na účet 221 – Bankovní účty oproti účtu 324 – Přijaté provozní zálohy s tím, že zprostředkovatel zálohu cestovní kanceláři ihned přepošle, tedy je v danou chvíli na jeho straně účet 324 „vyčištěný“. Naproti tomu cestovní kancelář přijatou provozní zálohu též zaúčtuje na účet 324 s tím, že v momentě přijetí zálohy odvádí DPH vztahující se k této záloze, jak bylo uvedeno v části Výpočet DPH.
2.2. Účtování výnosů
Výnosem cestovní agentury je provize, na kterou cestovní kanceláři vystaví fakturu a zaúčtuje ji na účet 311 – Pohledávky z obchodních vztahů oproti výnosovému účtu 602 – Tržby z prodeje služeb. Cestovní kancelář účtuje o výnosech v momentě, kdy se zájezd uskuteční s tím, že datum zdanitelného plnění je poslední den poskytnutí cestovní služby, k tomu dni je potřeba též provést vyúčtování DPH. Vzhledem k tomu, že záloha přijatá před uskutečněním zájezdu bývá ve 100% výši, v poslední den poskytnutí cestovní služby cestovní kancelář zúčtuje výnosy na účet 602 oproti účtu 324. Cestovní kancelář též účtuje o nákladech na cestovní službu, a to včetně provize, pokud její zájezdy zprostředkovává cestovní agentura.
2.3. Poukazy
Cestovní kanceláře často využívají poukazů, které jsou často vystavovány naprosto neadresně, tedy v danou chvíli není jasné, na co bude poukaz použit. Typicky jde o dárkové poukazy, které kupují zákazníci pro své blízké, popřípadě dárkové poukazy, které může zaměstnavatel koupit pro své zaměstnance. Cestovní kancelář musí důsledně evidovat poukazy podle jejich účelu, data platnosti a nominální hodnoty. V momentě vystavení faktury na kupujícího dárkového poukazu účtuje na účet 311 oproti účtu 384 – Výnosy příštích období. Při úhradě účtuje na účet 221 oproti účtu 311. Do výnosů účtuje až v momentě realizace zájezdu. Pokud jde o přijetí úhrady poukazu, cestovní kanceláři může vzniknout povinnost odvést DPH z přijaté úplaty.
Je třeba důsledně rozlišovat, zda se jedná o služby cestovního ruchu, které budou poskytnuty vlastní činností (ubytování, přeprava) nebo o služby nakoupené od ostatních podnikatelů. V prvním případě půjde o běžný režim DPH, tedy je třeba povinnost odvodu DPH posoudit v souladu s § 20a zákona o DPH, tedy zda je známé zboží nebo služba, na kterou byla úplata poskytnuta, zda je známá sazba daně a místo plnění. V případě, že plnění není známé dostatečně určitě, povinnost odvést DPH zde v danou chvíli není. Tedy poukaz na částku, kterou lze použít na jakoukoliv službu či zboží od cestovní kanceláře, nezakládá povinnost odvést DPH. V případě, že půjde o zvláštní režim pro cestovní službu, nestačí, že je plnění známo dostatečně určitě (například letecký zájezd do Španělska), je též potřeba, aby byla cestovní kancelář v danou chvíli schopna stanovit koeficient pro výpočet přirážky, tedy by měla znát hodnotu služeb, které budou nakoupeny, což v případě, že se nejedná o zájezd do konkrétního hotelu v konkrétní termín, nelze. Pokud toto nezná, nevznikne povinnost odvést daň z přijaté úhrady poukazu.
2.4. Storno poplatky
Vzhledem k tomu, že si zákazníci kupují zájezdy poměrně dlouhou dobu dopředu, někdy se stane, že nastanou neočekávané události, které mají za následek zrušení zájezdu na straně zákazníka. Každá cestovní kancelář má individuálně nastaveno, kdy a za jakých podmínek lze zájezd stornovat, přičemž musí brát v potaz ochranu spotřebitele. Je celkem logické, že při stornování zájezdu jsou účtovány storno poplatky, které mají kompenzovat náklady, které se zrušením zájezdu cestovní kancelář má. Tyto storno poplatky cestovní kancelář účtuje na účet 378 – Jiné pohledávky oproti účtu 644 – Smluvní pokuty a úroky z prodlení. Storno poplatek se následně proúčtuje oproti přijaté záloze na účtu 324 a zákazníkovi se vrátí rozdíl. Storno poplatky nejsou předmětem DPH, protože nejsou úplatou za poskytnutí služby či dodání zboží.