Nejvyšší správní soud rozhodl, že správce daně může dle jeho nového rozsudku doměřit daň pouze na základě provedené kontroly, aniž by před tím vyžadoval podání dodatečného daňového tvrzení.
V judikátu Nejvyššího správního soudu ze dne 10.4.2019 č. j. 9Afs 364/2018 – 76 zveřejněném ve Sbírce rozhodnutí Nejvyššího správního soudu č. 6 je možné se dočíst: „jestliže správce daně nevyzval daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení podle § 145 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, nezpůsobuje to samo o sobě nezákonnost doměření daně.“
Soud rozhodoval ve věci, kdy se poplatník soudil se správcem daně o zákonitosti proběhnuté daňové kontroly a také platebního výměru, který byl na jejím základě vydán. Nezákonnost spočívala podle poplatníka v tom, že správce daně před jejím započetím nevydal výzvu k podaní dodatečného daňového přiznání podle daňového řádu. Správce daně totiž dle informací z bankovních účtů poplatníka zjistit, že vklady na jeho bankovních účtech značně převyšují příjmy uvedené v daňovém přiznání k dani z příjmu fyzických osob.
Podle daňového řádu § 143 odst. 3 platí, že správce daně může z moci úřední daň doměřit pouze na základě výsledku provedené daňové kontroly. Pokud ale správce daně při kontrole zjistí nové skutečnosti nebo důkazy mimo daňovou kontrolu, na základě nichž lze předpokládat doměření daně, bude postupovat podle výše zmíněného § 145 odst. 2. Tento paragraf přímo říká: „Pokud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu. Nevyhoví-li daňový subjekt této výzvě ve stanovené lhůtě, může správce daně doměřit daň podle pomůcek“.
Zákonodárce v daňovém řádu vytvořil jistou hierarchii, jak by byl správce daně postupovat a dle ní bylo jeho povinností vyzvat k podání dodatečného daňového přiznání právě podle § 145 odst. 2 Daňového řádu. Tím tedy správce daně nesplnil svoji povinnost.
Nejvyšší správní soud sice uznal, že daňové řízení mělo procesní vadu a dále zkoumal, jaké následky by tato procesní vada měla na výsledné doměření daně. Podle soudu bylo rozhodující, zda výše uvedená nezákonnost ze strany postupu správce daně mohla daňový subjekt, poplatníka, poškodit na jeho právech. Podle něj nelze říci, že poplatník by mohl být poškozen ve vztahu k samotnému doměření daně, která byla stanovena na základě výsledků daňové kontroly. Stejně však nelze pohlížet na předepsané penále. To bylo předepsáno nezákonně. Podle daňového řádu je totiž možné penále vyměřit jen na základě dodatečného daňového přiznání.